Ну и пусть ищется по всей стране, в чем проблема?

Примерно. Только я говорю исключительно про query. locations вы какой один раз задали в начале, такой пусть и остается.

Эта задача не имеет отношения к подсказкам, они вообще ничего не знают о сроках доставки. Вопрос организации вашего кода :–)

Можно, например, завести карту со сроками доставки для каждой области. Ключом карты может быть название области или первые цифры ее КЛАДР-кода:

var terms = {
  '22': 10, // 10 дней для Алтайского края
  '52': 9  // 9 дней для Нижегородской области
}

Дальше при выборе подсказки берете первые два символа от поля kladr_id, получаете код области, и по нему выбираете значение из terms.

Пожалуйста, дайте ссылку на страницу, где работают подсказки и наблюдается эта проблема. Или запрос-ответ, если работаете через API.

Если вы используете подсказки чтобы облегчить пользователю ввод адреса, count=1 нужен только в самом конце, когда человек уже выбирает конкретный адрес из списка подсказок. В этот момент в адресе присутствует и регион, и город. То есть запросов вида «Краснобогатырская ул, д.79» с count=1 быть не должно.

Например, сохранять в обработчике onSearchComplete. Его сигнатура function (query, suggestions) {}. Первый параметр и есть введенный пользователем текст.

Уберите count = 1, и все будет работать.

Когда человек выбирает мышью вариант из списка, естественно и ожидаемо, что его выбор подставляется в текстовое поле. Так работает поисковая строка Яндекса и все остальные известные мне случаи автодополнения ввода.

Как перекрыть это поведение: запоминать введенное пользователем значение и возвращать его в обработчике formatSelected.

Есть документация по принудительной геолокации.

Навскидку сказать сложно – городов в России много, и в ФИАС иногда не бывает индексов по ошибке.

Да, мы планируем объединение баз где-то в районе Нового года.