Перенос строк для блочных HTML-элементов — поведение «по умолчанию». Если у вас не так — дайте ссылку на страницу, я посмотрю, в чём может быть дело.

Александр, а это уже можно сделать (возможно, я неправильно понял исходный вопрос). Подсказки возвращают и головные организации, и филиалы. Чтобы найти нужный филиал, можно указать название головной организации (или её ИНН), а дальше город, в котором находится филиал.

Например, по запросу «газпром связь филиал тюмень» подсказки вернут тюменский филиал «Газпром связи». Чтобы отличить в ответе филиал от головной организации, используйте поле branch_type:

• branch_type = MAIN для головных организаций,
• branch_type = BRANCH для филиалов.
  

Сергей, напишите ИНН проблемной организации, пожалуйста.

Александр, добрый день! Пока не планируем. А для чего вам список филиалов?

Спасибо, что поделились решением!

Для подсказок готового примера нет, к сожалению.

Окей, вам виднее. Я страшно далёк от ASP.NET UpdatePanel ツ

Я рекомендую вынести код инициализации подсказок в функцию, и просто вызывать её:

function initSuggestions(selector) {
  $(selector).suggestions({ ... });
}

...
initSuggestions("#address-1");
initSuggestions("#address-2");
initSuggestions("#address-3");