Можно, только программировать соответствие между округами и областями придется самостоятельно, без «подсказок».

Возможно: явно перечислив входящие в него области. См. пример с названием «Федеральный округ (ЮФО)».

Если остались вопросы — дайте знать.

Через файлы можно обрабатывать адреса, но не компании.

Метод findById/address ищет по КЛАДР-коду только до улицы. Домовая часть в КЛАДР-коде постоянно меняется, поэтому искать по ней смысла нет: сегодня адрес найдется, а завтра уже нет.

Потому что метод suggest/address не ищет по КЛАДР-коду.

Да, пропустили его. Спасибо, добавим.

К сожалению, не делаем выгрузки.

Да, можно отфильтровать по статусу:

{
    "query": "2323011250",
    "kpp": "344303001",
    "status": ["ACTIVE"]
}

Полный список поддерживаемых параметров указан в документации. Список ИНН всех организаций, у которых founders inn = managers inn — никак не получить. API в принципе не предназначено для выгрузки списков, речь всегда идет либо о поиске конкретной компании.