Подсказки предлагают наиболее подходящий по их мнению вариант. Но не навязывают его. Человек может указать тот адрес, который считает нужным.

В Яндексе (и в ФИАСе) этот адрес значится как «Московская обл, г Балашиха, мкр Северный, д 1». Из исходного адреса («Северная промзона Покровский проезд») невозможно понять, что это один и тот же адрес (если, конечно, не жить там :–)

С октября 2014 Москва, Питер и Севастополь возвращаются в поле city, так как люди воспринимают их именно как города, а не как регионы.

Раньше Москва, Питер и Севастополь не записывались в city. Затем мы это изменили, так как люди воспринимают их именно как города, а не как регионы.

Теперь понял, спасибо.

Только я не понимаю, зачем вы хотите навязывать человеку самый «популярный» город Москву, если человек находится в Питере :–)

Смотрите выше пример с locations_boost: количество городов ограничено, явно задан приоритетный город.

Приоритетный для пользователя город определяется через геолокацию. Если человек находится в Питере, и вводит «Мира», он увидит «г Санкт-Петербург, ул Мира». Находится в Москве — получит «г Москва, пр-кт Мира». Это в jQuery-плагине.

Если работаете через REST, укажите приоритетный город в параметре locations_boost:

{
    "locations_boost": [{"kladr_id": "78"}],
    "locations": [
        {"region": "Санкт-Петербург"}, 
        {"region": "Москва"}
    ],
    "query": "мира"
}

А почему улица Мира в Санкт-Петербурге должна быть на первой позиции?